İbn Ömer Medine’de vefat etmeyi arzu ediyordu. Zira son günlerde Mekke’de vaziyetin iyi olmadığını sezmişti. Cenab-ı Hakk’a dua ediyor: “Allah’ım, beni Mekke’de öldürme!” diye yalvarıyordu. Oğlu Sâlim’e şöyle vasiyet etmişti: “Ben Mekke’de ölürsem beni Harem hududu civarında defnet, sen de buradan göçüp git!” İbn Ömer bu vasiyetinden birkaç gün sonra vefat etti.
Vefatını müteakip vasiyeti* gereğince halk toplandı. Haccac da suçluluğunu örtbas etmek için cenaze namazına katıldı. Hatta namazını Haccac’ın kıldırdığı bilinmektedir. (İbn Sa ‘d, Labakat aynı yer). Vefat ettiğinde onbiri erkek onbeş çocuğu vardı.