Hz. Hüseyin yeni gelişen olaylardan haberi olmadığı için Kûfe’ye hareket etmeye karar verdi. Her ne kadar Abdullah b. Abbas ona, Kûfeliler’in babasıyla ağabeyine yaptıklarını hatırlatıp sözünde durmayan bu insanların davetine uymamasını ve eğer Mekke’de kalmak istemiyorsa Yemen’e gidip orada Müslim’in hâkimiyet kurmasını beklemesinin daha iyi olacağını söylediyse de Hüseyin kararından dönmedi. Yezîd’in halifeliğini tanımayan Abdullah b. Zübeyr ise Mekke’de kalmasını teklif etti ve biat almasına kendisinin de yardımcı olabileceğini bildirdi (Taberî, Târîḫ, II, 276; İbnü’l-Esîr, el-Kâmil, IV, 38). Abdullah b. Ömer ve Ömer b. Abdurrahman b. Hâris gibi şahıslar da kesinlikle Kûfe’ye gitmemesini istediler, İbn Abbas ise hiç değilse yalnız gitmesini önerdi. Fakat Hz. Hüseyin, 8 Zilhicce 60 (9 Eylül 680) tarihinde umresini tamamladıktan sonra ailesi ve bazı taraftarlarıyla birlikte Kûfe’ye hareket etti (Taberî, a.g.e., II, 272; İbnü’l-Esîr, a.g.e., IV, 39). Birkaç gün sonra, bütün ailesini yanına aldığı için başlarına bir şey gelirse bunun soyunun tükenmesi demek olacağı endişesine kapılan amcasının oğlu Abdullah b. Ca‘fer önce bir mektup yazarak durmasını istedi; sonra da Mekke Valisi Amr b. Saîd b. Âs el-Eşdak’tan onun adına eman alarak kendisine gönderdi. Ancak Hz. Hüseyin, rüyasında Resûlullah’ı gördüğünü ve ister lehine ister aleyhine sonuçlansın başladığı işi tamamlamakla emrolunduğunu söyleyerek geri dönmeyi reddetti. Yolda şair Ferezdak ile karşılaşıp Kûfe’deki durumu sorunca, “Halkın kalbi seninle, kılıçları Benî Ümeyye iledir; ilâhî takdir ise gökten iner ve Allah dilediğini yapar” cevabını aldığı halde, “Doğru söyledin, Allah’ın dediği olur, Allah dilediğini işler ve rabbimiz her gün yeni bir iştedir. Takdir hoşumuza gidecek şekilde olursa nimetlerinden dolayı Allah’a şükrederiz; O şükredenlerin yardımcısıdır. Eğer takdir umulandan başka türlü çıkarsa niyeti hak ve takvâsı da teneşir tahtası olan kimse elbette taşkınlık göstermez” diyerek yolculuğunu sürdürdü (Dîneverî, s. 245; Taberî, Târîḫ, II, 277-278). Ancak daha sonra Sa‘lebiyye’de karşılaştığı iki yolcudan Kûfeliler’in biatlarından caydığını ve Müslim b. Akīl ile Hâni’ b. Urve’nin öldürüldüğünü öğrenince geri dönmek istedi; fakat bu defa da Müslim’in oğulları ve kardeşlerinin ısrarı üzerine yola devam etmeye mecbur oldu. Bu arada taraftarlarına isteyenlerin ayrılabileceğini söyledi, onlar da ayrıldılar; yanında sadece aile fertleriyle birlikte yaklaşık yetmiş kişi kaldı. Böylece sayısı azalan kafile Ninevâ bölgesindeki Kerbelâ’ya vardı (2 Muharrem 61 / 2 Ekim 680).

Kûfe Valisi Ubeydullah’ın emriyle kafileyi uzun süredir 1000 kişilik kuvvetiyle gözetlemekte olan Hür b. Yezîd Hz. Hüseyin’in Kerbelâ’ya ulaştığını valiye bildirdi; o da kafilenin sarp ve müstahkem yerlere sığınmasına engel olunmasını, susuz ve savunmasız bir yerde konaklamaya mecbur edilmesini istedi. Rey valiliğine getirilen Ömer b. Sa‘d b. Ebû Vakkās’a da ordusuyla Hz. Hüseyin üzerine yürümesini ve bu meseleyi halletmesini emretti. Ömer b. Sa‘d önce bu işe yanaşmak istemediyse de yoğun ısrar ve görevden alınma tehdidi karşısında kafilenin üstüne yürüdü. Hz. Hüseyin Ömer’in gönderdiği elçiye kendisini Kûfeliler’in çağırdığını, 18.000 kişinin biat ettikten sonra biatlarını bozduğunu, dönüp gitmek istediğinde de Hür b. Yezîd’in engel olduğunu ve kendisini buraya kadar gelmek zorunda bıraktığını anlattı ve, “İzin verin dönüp gideyim” dedi (Dîneverî, s. 253-254). Ömer b. Sa‘d, Hz. Hüseyin ile çarpışmak istemediği için bu cevaptan memnun kaldı ve durumu Ubeydullah b. Ziyâd’a bildirdi. Ubeydullah ise Yezîd’e biatı önermesini ve reddi halinde kafilenin su ile irtibatını kesmesini istedi. Bunun üzerine Ömer, Hz. Hüseyin’i Kûfe’ye çağıranlar arasında bulunan Amr b. Haccâc’ı su yollarını kesmekle görevlendirdi; sonra da birkaç defa Hüseyin’le gizlice görüştü (Ebû Mihnef, s. 48-49). Aralarında ne konuştukları tam olarak bilinmemekle beraber tahminlere göre Hz. Hüseyin şu teklifleri yapmıştır: Geldiği yere dönmek, bizzat Yezîd’e gidip biat etmek veya İslâm serhadlerinden birinde cihadla meşgul olmak. Ömer, kabul edilebileceği ve böylece kendisinin de bu sıkıntılı işten kurtulacağı ümidiyle teklifi Ubeydullah b. Ziyâd’a bildirdi. Ubeydullah önce bu teklifi uygun gördüyse de Sıffîn’de Hz. Ali’nin safında çarpışanlardan Şemir b. Zülcevşen ona önemli bir fırsatı kaçırmış olacağını hatırlatarak Fırat nehriyle irtibatı kesilmiş ümitsizlik içindeki Hüseyin’i isteğine boyun eğdirmesini veya cezalandırmasını söyledi, ayrıca onun Ömer ile geceleri gizlice görüştüğünü belirtti. Bunun üzerine Ubeydullah, Şemir ile Ömer’e bir mektup göndererek Hüseyin’in doğrudan kendisine teslim olmasını sağlamasını, bunu başaramazsa onunla savaşmasını, aksi takdirde kumandayı Şemir’e bırakmasını emretti. Şemir karargâha 9 Muharrem Perşembe günü ulaştı. Ömer b. Sa‘d kumandayı, dolayısıyla kazandığı dünyalığı elden kaçırmamak için bu görevi yerine getireceğini söyledi. Hz. Hüseyin ve yanındakiler o geceyi dua, namaz ve istiğfarla geçirdiler (Taberî, Târîḫ, II, 315; İbnü’l-Esîr, el-Kâmil, IV, 59).

Ertesi gün Hz. Hüseyin gerekli savaş hazırlıklarını yaptıktan sonra atına bindi ve önünde bir mushaf olduğu halde Ömer’in ordusuna yaklaşarak kendisinin buraya geliş amacını anlamaları, hakkında insaflı hüküm vermeleri halinde saadete kavuşacaklarını ve üzerine yürümelerine gerek kalmayacağını, mazeretini dikkate almamaları durumunda ise istediklerini yapmalarını söyledi. Bazı kaynaklara göre Hz. Hüseyin bu konuşmasında anne babasının ve amcalarının İslâm’a hizmetlerini dile getirmiş, Resûl-i Ekrem’in kendisi hakkındaki övücü ifadelerinden söz etmiş ve kanını akıtmanın büyük vebal doğuracağını hatırlatmıştır (Ebû Mihnef, s. 49-50, 130-138; İbnü’l-Esîr, a.g.e., IV, 61-62). Hz. Hüseyin’in bu konuşması üzerine Hür b. Yezîd yaptıklarına pişman olarak onun safına geçti.

Ömer b. Sa‘d’ın sancağıyla gelip ilk oku atması üzerine başlayan savaş birbirine denk olmayan bu kuvvetler arasında tam bir dram şeklinde devam etti ve Hz. Hüseyin’in savaşa başlarken yirmi üç süvariyle kırk piyadeden oluşan askerleri kısa sürede azaldı. Savaşın sonlarında artık sıcak ve susuzluktan bitkin hale düşen bu az sayıdaki insanın başında piyade olarak cesaretle dövüşen Hz. Hüseyin’e Şemir b. Zülcevşen’in emriyle her taraftan hücum edildi. Sinân b. Enes en-Nehaî önce bir harbe saplayıp onu yere düşürdü, sonra da atından inerek saçlarını ve daha sonra başını kesti; oradakiler de cesedini soyup her şeyini, ardından da çadırları yağmaladılar. Bu arada Hz. Hüseyin’in hasta yatağındaki oğlu Ali Zeynelâbidîn öldürülmek istendiyse de Ömer b. Sa‘d buna engel oldu (10 Muharrem 61 / 10 Ekim 680). Şehidlerin cesetleri ertesi gün Benî Esed mensuplarının ikamet ettiği Gādiriye köylülerince toprağa verildi.

Hz. Hüseyin’in kesik başı ve esirler Dımaşk’a gönderildiğinde Yezîd görünüşte üzülmüş ve Hüseyin’i öldürtmesi sebebiyle Ubeydullah b. Ziyâd’a lânet etmiştir. Ancak onun bu üzüntüsünde samimi olduğunu söylemek mümkün değildir. Çünkü gerçekten üzülmüş olsaydı Ubeydullah, Şemir ve diğerlerini hiç değilse görevlerinden alması gerekirdi; ayrıca öldürme emrini verenin bizzat kendisi olduğu yolunda rivayetler de vardır (Dîneverî, s. 284-285; Ya‘kūbî, II, 229). Bununla beraber Hz. Hüseyin’in katliamdan kurtulan oğlu, kızları, kız kardeşi ve Tâliboğulları’ndan diğer esirler Dımaşk’ta birkaç gün tutulduktan sonra Yezîd tarafından bir muhafız birliği refakatinde Medine’ye gönderilmiştir. Hz. Hüseyin’in başının nereye gömüldüğü konusu ihtilâflıdır. Medine’de Bakī‘ Mezarlığı’na, Necef’te babasının yanına, Kûfe dışında bir yere, Kerbelâ’da cesedinin konulduğu kabre, Dımaşk’ta bilinmeyen bir yere, Rakka’ya, hatta Kahire’ye gömüldüğüne dair rivayetler bulunmakta (Muhsin el-Emîn, IV, 390-394) ve bunlardan birincisi daha güçlü bir ihtimal olarak görülmektedir (İbn Kesîr, VIII, 204). Öte yandan İbn Şehrâşûb, Şeyh el-Müfîd, Muhammed Bâkır el-Meclisî, Muhsin el-Emîn, Fehmî Üveys gibi Şiî yazarları Hz. Hüseyin’in doğumu, çocukluğu, gençliği ve şehâdetiyle ilgili tarihî gerçeklere uymayan pek çok olağan üstü hadise ve keramet rivayet ederler.

Kaynaklar Resûl-i Ekrem’in iki torununu çok sevdiğini, isteklerini tereddütsüz yerine getirdiğini, onlarla oyun oynadığını, sırtına bindirip gezdirdiğini, hatta secdede iken üstüne çıktıklarında inmelerine kadar beklediğini yazar ve onlara olan düşkünlüğünü gösteren birçok rivayet nakleder. Bir gün Hz. Peygamber minberde iken Hasan ile Hüseyin’in düşe kalka mescide girdiklerini görünce konuşmasını yarıda keserek aşağı inip onları kucaklamış ve, “Cenâb-ı Hak, ‘Mallarınız ve çocuklarınız sizin için birer imtihan vesilesidir’ (et-Tegābün 64/15) derken ne kadar doğru söylemiş; onları görünce dayanamadım” dedikten sonra konuşmasını sürdürmüştür (İbn Mâce, “Libâs”, 20; Tirmizî, “Menâḳıb”, 30; Nesâî, “Cumʿa”, 30, “ʿÎdeyn”, 27). Müslümanların Ehl-i beyt’e ve Âl-i abâ’ya dahil olan Hz. Hasan ile Hüseyin’e duyduğu sevgi ve şefkat Resûl-i Ekrem’in vefatından sonra da devam etmiştir. Meselâ Hz. Ömer, hilâfeti sırasında divan teşkilâtını kurup herkese yapılacak yardımları belirlerken onlara Bedir Gazvesi’ne katılanlara verilen miktarda tahsisat ayırmıştır (Taberî, Târîḫ, I, 2413). Hz. Hüseyin Resûlullah’ın sevgili torunu, emaneti ve reyhânesi (çiçek demeti) denilerek müslümanlardan daima sevgi, şefkat ve bağlılık görmüş, böylece altı yaşında kaybettiği dedesinin ve annesinin yokluğunu fazlaca hissetmemiştir. Ayrıca ağabeyi Hasan ile birlikte bütün İslâm dünyasında olduğu gibi Türkler arasında da Resûlullah’ın sevgili torunu sıfatıyla daima sevilmiş, sayılmış ve adları çocuklara verilen en yaygın isimler arasında yer almıştır.

Şiî dünyası, Şiîliğin hareket noktası ve temel şahsiyeti Hz. Ali olmakla birlikte, şehid edilişinin arka planında varlığını sürdürebilen güçlü bir siyasî kuruluş bulunmadığından bu olayla fazla ilgilenmemiş, Hz. Hüseyin’in şehâdetini ise Şiîliğe hayat veren bir kaynak telakki ederek içtimaî ve siyasî hayatın parolası haline getirmiştir. Bugün İslâm dünyasının en büyük azınlık mezhebini oluşturan İsnâaşeriyye İmâmiyyesi’nin özellikle duygu ve gönül hayatını Hz. Hüseyin sevgisi yönlendirmektedir. Hz. Hüseyin’in Kerbelâ’da şehid edilişinin hâtırasını anmak için yapılan ve “tâziye” denilen yas merasimleri, onu imamların üçüncüsü ve on dört ma‘sûm-ı pâkin (çârdeh ma‘sûm-i pâk) beşincisi kabul eden Şiî dünyasında başlı başına bir olaydır (bk. TÂZİYE). Ancak Sünnîler’in tuttukları 10 (veya 9, 10, 11) Muharrem orucunun Kerbelâ tâziyesiyle bir ilgisi yoktur (bk. ÂŞÛRÂ). Hz. Hüseyin’in acıklı sonu İslâm edebiyatında başlı başına bir tür oluşturmuş ve özellikle tâziye törenlerinde okunmak üzere Şiî şair ve edipleri tarafından “maktel” veya “maktel-i Hüseyin” denilen mersiye ve okuma parçaları kaleme alınmıştır (aş.bk.).

Hz. Hüseyin’in çocuklarından Ali el-Ekber Kerbelâ’da kendisiyle birlikte şehid olmuş, Ca‘fer ve Abdullah adlı oğullarından devam etmeyen soyu diğer oğlu Ali Zeynelâbidîn’den devam ederek seyyid unvanıyla tanınmıştır. Ayrıca Fâtıma ve Sükeyne (Sekîne) adlı iki de kızı vardı.